讲课内容简介回顾:
通过使用AI而无需编码,轻松学习使用Aivia,解锁对3D空间生物学的更深洞察力。
如何使用人工智能准确地分割具有不同形态的3D细胞
利用您的专业知识和人工智能来识别图像中已知的表型
使用自动聚类探索未知的表型
通过树状图、小提琴图、降维等方法获得对3D组织的更深层次的空间洞察力
2022年11月2日再北京脑科学与类脑研究中心二期举办第一期Aivia人工智能分析软件应用会。这次我们有幸邀请到赵瑚老师及参与AI软件测试与推广的Hoyin LAI(赖颢贤)经理,与我们分享最新的技术。会议采取讲座与操作演示组合的方式,与大家共同体验沉浸式数据分析之旅。
人工智能不仅仅是一个流行语
Aivia使用先进的AI工具为数据量身打造增强、分割和预测工具,实时展示数万亿个体素和数千个对象,允许我们在沉浸式环境中交互探索3D/4D数据集。本视频,我们将介绍AI模型分割多种成像数据的效果,使用智能追踪工具进行快速神经元重建,并结合Aivia的AI工具和诀窍,定制专属的图像分析工作流程,以实现高效的批量图像分析。
常用的数据分析包括计数、定位、共定位、荧光强度、体积、面积、表面积、周长、直径等数据的测量。
经典的图像分析流程可以概括为:图像导入分析软件 → 分割结构信号 → 得到统计数据
实际的图像分析流程往往包括:图像导入分析软件 → 图像预处理 → 分割结构信号 → 批量分析 → 分割结果后处理→ 得到统计数据 → 识别感兴趣结构
这些步骤不仅增加了数据分析的工作量,也成为了图像分析初学者的入门障碍——繁多的预处理滤镜选项不仅要求使用者掌握大量的背景知识,其搭配组合的选择也要求使用者熟知各种滤镜的参数调节和效果,以获得预期的结果。
在本期网络课堂中,我们将从图像导入到结果输出,更全面地了解数据分析流程,其中多种可能性及人工智能工具的应对方法。
本期网络课堂将会涉及:
1.生命科学微观研究的关键痛点在下游图像分析;
2.细胞/组织图像分析类型;
3.Deep learning在生命科学中的应用;
4.AIVIA智能图像处理软件介绍
本期网路课堂将会涉及:
1. Aivia历史版本回顾&Aivia功能简介
2.Pixel Classifier功能介绍
3.Object Classifier功能介绍
4.调用已存的Pixel Classifier训练文件
5.3D线粒体Pixel Classifier画图技巧
6.3D果蝇胚胎Pixel Classifier画图技巧
7.Smart Segmentation参数调节
8.细胞电镜Object Classifier数据处理
9.细胞电镜各Object之间间距分析
10.3D果蝇胚胎Mesh使用Recipe分析,及线上问题解答
本期网路课堂将会涉及:
1.Aivia Community上机操作
2.Channel Settings 原始数据展示及调节
3.Object Set Settings 渲染结构展示及调节
4.Tag 标签的使用方法
5.Aivia Wiki (使用说明)页面介绍
6.Clipping Plane 使用方法
7.Video Animator 使用方法
8.机器学习结果示例
发育生物学是一门研究生物体从精子、卵子发生, 形成受精卵, 然后生长发育直至衰老、死亡的过程及机理的一门学科。发育是一个高度动态的过程, 会涉及多个时空尺度:空间从亚细胞分子过程到组织形态转换, 时间跨度从几分钟到数年不等。
显微成像是细胞、发育生物学研究中重要的工具,可以说从细胞、组织的培养,到精细结构观察,功能研究,显微镜几乎贯穿始终。然后,在我们得到丰富的图像后,如何从中抽丝剥茧,获得关键性数据结果,仍然是图像分析中一大挑战。在本次分享中,徕卡的小伙伴会为大家介绍徕卡家族的新成员AIVIA