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新一代AI主导的(单细胞)深度视觉蛋白质组学
癌症是一种与蛋白质丰度或蛋白质功能障碍相关的疾病。因此，蛋白质组是区分健康和疾病状态的一个关键因素。有意思的是，癌症微环境中细胞的蛋白质含量变化很大。了解细胞的异质性是破译健康和疾病差异的关键。Matthias Mann实验室开发了一种被称为“深度视觉蛋白质组学”(DVP)的开创性方法，将激光显微切割(LMD)与超高灵敏度的质谱分析相结合，在细胞水平上提供具有空间背景的信息。可以探索单个细胞的蛋白质组，无需将其分子信息与邻近细胞相混合。从而可对同一微环境中的癌细胞和健康细胞的个体蛋白质组进行分离和分析。在这种新方法中，人工智能(AI)与LMD相结合，提高发现的通量。可自动识别已定义表型的细胞，标记的细胞坐标导入LMD，并进行精确切割。LMD的切割过程也可采用自动化，节省更多时间。
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激光显微切割，也被称为LMD或LCM（激光捕获显微切割），是一个从各种各样的组织样本中分离出特定的单细胞或的整个区域的组织的非接触式和无污染的方法。原始组织的厚度、质地和制备技术相对就不重要了。切割部分可用于进一步的分子生物学方法，如PCR，实时荧光定量PCR、蛋白质组学和其他分析技术。激光显微切割技术已广泛应用于神经科学、癌症研究、植物分析、法医学或气候研究等领域。该方法同时也适用于细胞培养的操作或盖玻片的显微雕刻。
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2024年09月10日 15:24
细胞培养是生命科学研究的一个重要内容。研究人员培养永生细胞株、原代细胞或干细胞，深入了解例如细胞生物学、免疫学或癌症发展。原代细胞或转染的细胞系在细胞类型和遗传背景上可能具有异质性。因此，其群体分析结果可能会产生错误结果。在检测前分离感兴趣的细胞将提高结果的准确性。激光显微切割技术使用激光在细胞水平上切割微观标本。因此，细胞在特殊的膜培养容器中生长，可通过激光显微切割单独提取。切割后，卡LMD系统利用重力收切割物。采集容器位于样品的正下方，可以预先装入用于重新培养的培养基或下游分析的缓冲液。借助于该技术，可以以高精度分离细胞用于克隆，生成同质原代培养物，或进行下游分子生物学分析以获得更深入的了解。
2024年09月10日 15:02
癌症是一种与蛋白质丰度或蛋白质功能障碍相关的疾病。因此，蛋白质组是区分健康和疾病状态的一个关键因素。有意思的是，癌症微环境中细胞的蛋白质含量变化很大。了解细胞的异质性是破译健康和疾病差异的关键。Matthias Mann实验室开发了一种被称为“深度视觉蛋白质组学”(DVP)的开创性方法，将激光显微切割(LMD)与超高灵敏度的质谱分析相结合，在细胞水平上提供具有空间背景的信息。可以探索单个细胞的蛋白质组，无需将其分子信息与邻近细胞相混合。从而可对同一微环境中的癌细胞和健康细胞的个体蛋白质组进行分离和分析。在这种新方法中，人工智能(AI)与LMD相结合，提高发现的通量。可自动识别已定义表型的细胞，标记的细胞坐标导入LMD，并进行精确切割。LMD的切割过程也可采用自动化，节省更多时间。
2024年09月10日 14:41
提取单一的癌症组织进行突变分析
DNA突变导致蛋白质异常或功能蛋白缺失，从而造成细胞繁殖失控并发生癌变为发现和了解特定癌症类型的潜在突变，提取纯正的肿瘤材料是极其重要的。这是非常有挑战性的，特别是少量的癌症组织，如小转移瘤。
激光显微切割可实现单一提取癌症组织，而不对健康细胞造成污染。因此，DNA测序将获得有效和可重复的结果，有助于轻松识别致癌的DNA突变。
2024年09月03日 14:48
以亚细胞精度收集单一的样品
许多脑部疾病都是由蛋白质功能障碍、错误折叠和凝集引起的，因此蛋白质表达分析是了解许多脑部缺陷的原因和发现治疗方法的关键。
徕卡激光显微切割(LMD)系统有助于获得足够数量的大脑标本。只需确定感兴趣的区域，并直接用激光束切割区域进行下游分析。区域可以是不同的脑区、单细胞甚至亚细胞结构，也可以切割阿尔茨海默氏症斑块。如图所示可通过质谱进行分析。
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观察并从异质起始材料中获得特异和均匀的单一样品，通过重力确保无接触和无污染操作。Leica LMD6/7系统结合了高端全自动正置研究级显微镜和紫外线激光器，并由此确保了出色和准的切割效果。
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2023年08月18日 16:41
本次课程来源于网络研讨会《植物单细胞组学中的研究进展》，简介如下：
激光显微切割（LMD）是一个从各种各样的组织样本中分离出特定的单细胞或的整个区域的组织的非接触式和无污染的方法。切割部分可用于进一步的基因组、转录组、蛋白质组学和其他下游的技术分析。
单细胞组学在生物医学中已经得到广泛的应用，由于植物细胞壁的特性，植物单细胞组学面临的首个技术难点在于如何分离单个细胞并保留空间位置信息。
徕卡以LMD为主结合Thunder和Aivia的组合方案，是优化植物单细胞组学工作流的高效工具，因为LMD能定义高细胞通量的纯原料并精确保留了细胞的空间信息。
